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Hay un gran artículo de Batuhan Bozkurt de mediados de 2009 que describe tanto el origen como el proceso de recreación de Deep Note utilizando SuperCollider. Años después veo este post de Stuart Memo (que de hecho cita al primero) donde explica su experimento intentando aproximar el sonido usando JavaScript:

El sonido [se genera] básicamente [con] 30 osciladores de onda cuadrada emitiendo aleatoriamente en frencuencias entre 200Hz y 400Hz. [El resultado] es filtrado para producir el efecto de barrido que se oye.

El resultado se puede oír en CodePen y tiene una semblanza con la composición del Dr. James A. Moorer.